三者的区别在于目的不同、社会形态不同和生产力不同。

1、目的不同：自然经济是自给自足；商品经济主要是用于交换；市场经济是用于资源配置。

2、社会形态不同：自然经济是原始、奴隶、封建社会的基本经济；商品经济，是原始末期出现，资本主义社会主导；市场经济是高度发达的商品经济。是发达商品经济的表现形式和现代形态，市场经济是在市场得以发展之后市场对资源配置起基础性作用的商品经济，市场经济是社会化、货币化、开放化的商品经济。

3、生产力不同：自然经济的生产力水平很低、生产规模狭小，社会分工不发达。商品经济的社会生产力比价高，社会分工比较发达。市场经济的生产力高，是社会化大生产，经济关系货币化，金融市场、金融工具和金融手段全面介入。

什么是商品经济？

商品经济是指商品的生产、交换、出售的总和。商品经济最早产生与第二次社会分工即手工业从农业中分离并进一步的扩大。在第三次社会大分工时出现了商品经济的重要媒介。当商品经济不断发展，商品之间的交换主要由市场调配时，这种社会化，由市场进行资源调配的商品经济就是市场经济，市场经济是商品经济发展的高级阶段。